社会格差や社会経済的地位（socioeconomic status, SES）がどのぐらい、どのように、誰に（特に子ども）、どのような健康影響を与えているのか、について主に日本のデータ（21世紀出生時縦断調査）、日本老年学的評価研究（JAGES）、まちと家族の健康調査（JSHINE）、足立区子どもの健康・生活実態調査（A-CHILD）、高知県子どもの生活調査、千葉市における健診調査追加調査、などを用いて研究をしています。
同様に、社会的つながりの指標として知られるソーシャルキャピタル（social capital）がどの程度、またどのように、健康に良い影響をもたらすのかについても新潟県十日町、宮城県涌谷町をフィールドに研究しています。
さらに、アメリカ、フィンランド、モンゴル、中国のデータを用いた研究も行なっています。それによって国際比較研究も可能となっています。
子どもの貧困など胎児期や幼少期の社会経済的地位（SES）、虐待やDV目撃などの逆境体験（Adverse childhood experience, ACE）がどのように、どの程度、どのような疾患を将来引き起こすのかについて主に日本のデータ（日本老年学的評価研究）（JAGES）、まちと家族の健康調査（JSHINE）、足立区子どもの健康・生活実態調査（A-CHILD）、千葉市における健診調査追加調査、新潟県十日町、宮城県涌谷町でのフィールド調査などを用いて研究をしています。
さらに、アメリカ、フィンランド、モンゴル、中国のデータを用いた研究も行なっています。それによって国際比較研究も可能となっています。
揺さぶられ症候群の実態及び関連要因を明らかにすべく千葉県鎌ケ谷市、愛知県、千葉県千葉市等で調査を行なってきました。そのデータは合計２万人分にもなります。
さらに、厚生労働省との協働で揺さぶられ症候群の予防のためのDVDを作成し、YouTubeにアップされています。このDVDの視聴が揺さぶりを減らし、実際の虐待による頭部外傷による入院事例の減少効果を検証する研究を千葉市、大阪府、東京都でランダム化比較試験を含むエビデンスレベルの高いデザインで行なっています。
その他、代表性のあるデータで子ども虐待の実態と要因を把握する研究を足立区 子どもの健康・生活実態調査(A-CHILD)で行なっています。
また、養育行動の世代間連鎖を生物学的に明らかにする研究として、東京・沖縄で３世代調査を行い、祖母から母、母から子への養育行動の伝播を行動観察及び遺伝子、オキシトシン等を含む生体試料により明らかにしようとしています。
さらに思春期までの虐待の影響を見るべく、児童養護施設で生活をしている子どもとそうでない子どもの比較研究も実施しています。
そして、虐待予防のために妊娠期から介入すべく、足立区と協力し、ハイリスク妊婦への保健師による介入研究を行っています。具体的には、保健指導の内容をアプリ化し、それが搭載されている電子デバイスを持って保健指導するこの虐待予防効果を検証しています。（詳しくはJST藤原プロジェクトを参照）。
妊娠期・産褥期におけるメンタルヘルスの問題が虐待のリスク要因であるというエビデンスに基づき、足立区において保健師によるハイリスク妊婦への介入研究を行なっています。その周辺にあるDVについても要因を明らかにし、どのような介入が適切かを研究しています（詳しくはJST藤原プロジェクトを参照）。
また、愛知県において妊娠届から３歳児健診までの縦断データを用いて、妊娠時のメンタルヘルスがどの程度、3歳までの子どもの健康状態や発達、虐待傾向に関係しうるのかについて調べています。
自然災害によるトラウマ体験と子どものメンタルヘルスとの関連を見るために、東日本大震災の被災地（岩手県、宮城県、福島県）における子どものメンタルヘルスのコホート研究を立ち上げ、震災の子どもへの長期的影響を観察しています。対照群として三重県の子どもたちも参加しています。このコホート研究では、実験による時間割引率を測定している他、心拍変動や血圧なども計測している点が特徴です。表情から感情を読み取る研究も同時に行なっています。
さらに、自閉症スペクトラム障害、問題行動、向社会性、レジリエンス、自己肯定感、幸福感に関して調査を行い、子どものメンタルヘルスを高めるための研究をしています。
妊娠中生後に何を食べれば生まれてくる子どもは健康に生まれ、育つでしょうか。それを明らかにすべく、妊娠中や乳幼児期の栄養と子どもの健康状態、特に発達障害などメンタルヘルスの問題についての研究を進めています。
さらに、足立区において保育園、小学校における子どもの栄養摂取状況に関する食環境要因、学校における健康教育の効果などを検証しています。
JAGESデータ、さらに新潟県十日町、宮城県涌谷町をフィールドとしたプライマリーデータとGISデータ等とのリンケージによるビッグデータを用いて、どのような物理的環境（坂道や景観、公園、食料品店など）が高齢者の健康状態（特に認知機能や糖尿病）に影響を与えているのか、について研究しています。
さらに、グローバルヘルス、プラネタリーヘルスの視点から、気候変動が与える健康影響のインパクトについて研究しています。
主にインターネット調査による手法を用いて、職場のソーシャルキャピタル、パワーハラスメント、マタニティハラスメント等がどのように働く人の健康に影響するかについて研究しています。
新型コロナウイルス感染症の記述疫学、行動変容のためのリスクコミュニケーション、政策評価、コロナ禍による健康影響などについて宇都宮市における住民ベース調査（U-CORONA Study）、インターネット調査によるJACSIS（Japan COVID-19 and Society Internet Survey）データを用いて研究しています。
